《办法》规定，定点医疗机构应当按照规定用药，合理控制参合患者自费药品、自费检查项目的比例。参合患者必须使用目录外药品和诊疗项目时，应当征求患者或家属同意并签字，在清单上注明“自费”字样。未经同意和签字，参合患者有权拒付相关费用。自费药品占医药总费用的比例，乡镇定点医疗机构或一级医院不超过5%，县级定点医疗机构或二级医院不超过10%，市级定点医疗机构或三级医院不超过25%。

　　《办法》强调，定点医疗机构有为参合农民提供虚假发票、住院清单，篡改病历资料，或者将非参合人员的医疗费用列入合作医疗基金支付，冒领套取合作医疗基金，以及采取其他手段骗取或套取合作医疗基金，造成合作医疗基金严重流失等8种情形之一的，其定点医疗机构资格予以取消。

　　《办法》指出，定点医疗机构应严格执行卫生部制定的出入院标准，根据执业范围和医疗服务能力，合理收治参合农民。对危重、疑难患者等，应当按照有关规定及时转诊，不得随意截留病人。参合农民在全市范围内可以自行选择定点医疗机构就诊。

　　《办法》规定，市级医疗机构定点资格的有效期为3年，其他医疗机构定点资格的有效期为2年。定点医疗机构实行协议管理。各县市区合作医疗管理机构必须与本县市区或者邻县市区定点医疗机构签订服务协议。县级合作医疗管理机构根据本地参合农民的意愿和就诊流向、医疗资源等情况，原则上在市级定点医疗机构中选择4所以上三级综合医院和专科医院作为本县市区定点医疗服务单位，并与其签订服务协议。服务协议有效期为1年。期满后，根据服务质量，可以续签。